Párhuzamos síneken halad a MÁV és az Állami Számvevőszék. A számvevők a vasúttársaság gazdálkodását kritizálják, a MÁV vezetői pedig igyekeznek tételesen cáfolni a vádakat.
A MÁV Cargo Zrt. értékesítésénél nem érvényesült a tartós állami tulajdonra vonatkozó jogalkotói szándék, az aláírt szerződés a MÁV Zrt. számára indokolatlan kötelezettségeket tartalmaz, a vevő által vállalt kötelezettségek aggályosak és több ponton célszerűtlenek a magyar államra nézve...
A Gazdasági Versenyhivatal (GVH) Vj-3/2008 ügyszámon eljárást indított a Hungrail Magyar Vasúti Egyesülés, a Magyar Államvasutak Zrt.,a MÁV Cargo Árufuvarozási Zrt, a Győr-Sopron–Ebenfurthi Vasút Zrt. és a CER Közép-Európai Vasúti Árufuvarozási Kereskedelmi és Szolgáltató Zrt. ellen; valamint a Vj-5/2008 ügyszámon a Magyar Államvasutak Zrt. és a MÁV Cargo Árufuvarozási Zrt. ellen.
Másfél millió dollárt kapott egy szakértői cég 2001-ben, hogy előkészítse a szerződést az orosz államadóság terhére érkező vasúti motorkocsikról. A MÁV belső vizsgálata megállapította, hogy a céget az orosz féllel kötött szerződés aláírása után egy évvel bízták meg a szerződés előkészítésével. A cég fantomizálódott, a MÁV pedig feljelentést tett.
Újratárgyalja a MÁV azt a hatmilliárdos szerződést, melyet a vasúttársaság előző vezetése kötött egy teherkocsikat gyártó céggel. A szerződést aláíró vezetők ellen fegyelmi vizsgálat indult. Az ügy kapcsán ellenőrzik az utóbbi három év járműbeszerzésre kiírt pályázatait.
Belső vizsgálatot indított a MÁV azért, hogy kiderítse: szabályosan kötött-e 6 milliárd forintos szerződést a vasúttársaság előző vezetése vasúti kocsik bérléséről. Egy MSZP-s politikus szerint egy olyan cég szállíthatja a kocsikat, amelyik nem is indult a MÁV pályázatán, így a szerződés törvénysértő.
6 milliárd forintos megrendelést kapott a MÁV Rt. előző vezetésétől egy olyan magáncég, amelyik nem indult a megrendelésre kiírt pályázaton. A vasúti kocsi gyártásra kiírt pályázatnál előnyben kellett volna részesíteni azokat a cégeket, amelyek MÁV-tulajdonú cégek munkavállalóit foglalkoztatják.